استفاده از باکتری ها در مهندسی عمران کاربرد وسیعی را به خود اختصاص داده است به طوری که از آن ها در بهبود مقاومت خاک، تعمیر سنگ های آهکی، افزایش دوام بتن، تعمیر ترک بتن و ... را دارد. بنابراین هر یک از این کاربردها به اختصار جهت معرفی به جامعه مهندسی عمران به صورت مختصر در زیر توضیح داده می شود.

1- بهبود خاک

برای بهبود مقاومت خاک احتمالا بتوان از باکتری‌های هیدرولیز کننده اوره استفاده کرد. اما اغلب بهبود خاک به تزریق در عمق و در نتیجه کاهش نفوذپذیری محدود می­گردد. یک مشخصه نامطلوب که باعث گسیختگی خاک می‌شود، حرکت کردن آب در داخل خاک است. کاهش نفوذپذیری خاک، زمانی که باکتری با خاک مخلوط شده یا روی خاک با سرعت و فشار بالا پاشیده شده، مشاهده شده است.  مقاوم و نفوذپذیری را در خاک زمانی که باکتری